A Diretoria Executiva é o órgão da administração geral do IPMU, cabendo-lhe principalmente executar as políticas e diretrizes fundamentais e cumprir as normas baixadas pelo Conselho de Administração.
As funções da Diretoria Executiva são exercidas por servidores efetivos, ativos ou inativos, do Município de Ubatuba, indicados em lista triplice, pelos membros do Conselho de Administração e Fiscal e nomeados por Decreto Municipal, pelo Sr. Prefeito Municipal, para um período de 04 (quatro) anos.
Os membros da atual Diretoria Executiva foram momeados através do Decreto Municipal nº 5.139 de 19 de fevereiro de 2010, para o período de 06/03/2010 a 05/03/2014.