O Conselho de Administração é órgão de deliberação e orientação superior do IPMU, cabendo-lhe principalmente fixar objetivos e politicas previdenciárias, composto por 10 (dez) membros: 05 (cinco) eleitos dentre os servidores ativos e inativos da Administração, 1 (um) indicado pelo Poder Legislativo e 4 (quatro) indicados pelo Poder Executivo.
O mandato de cada membro é de 4 (quatro) anos, permitida a recondução e exercida sem qualquer remuneração.
O Conselho Fiscal é composto por 5 (cinco) conselheiros, sendo todos eleitos dentre os servidores ativos e inativos vinculados ao IPMU, com mandato de 4 (quatro) anos, permitida a recondução, e exercida sem qualquer remuneração. È órgão de fiscalização, cabendo-lhe principalmente zelar pela sua gestão econômica-financeira.